(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[2060, le réchauffement climatique est stabilisé. Les entreprises de biotechnologie ont créé de nouvelles espèces animales pour remplacer celles qui ont disparu et nourrir la population. La carpe australe (//Cyprinus australis//) fait partie de ces espèces nouvellement créées mais ses qualités gustatives semblement dépendre du milieu d'élevage : celles provenant de certaine colonies peuvent avoir un goût très amer. Dans le cadre d'un contrat à durée déterminée (potentiellement convertible de CDI), vous êtes mandaté(e) pour découvrir quels facteurs provoquent cette amertume...]]
(set: $Estime to 50)
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[C'est parti...->P02-Conditions]]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Dans votre recherche, vous allez être accompagné de votre stagiaire qui pose énormément de questions, soit par curiosité, soit peut-être pour vous tester. Et comme son père n'est autre que le directeur du cabinet d'études où vous travaillez, il est préférable d'être irréprochable autant dans vos prises de décision que dans les réponses que vous lui apporterez. L'estime dont vous bénéficiez est indiquée en bas des pages. par chance, vous pouvez toujours consulter discrètement le manuel "Biostatistique" qui peut être visualisé sur le coté de vos lunettes à la page voulue, par simple ordre de la pensée. Votre stagiaire ne s'appercevra pas de ces consultations. Bonne mission !]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[OK, j'ai compris->P03-Condition]]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(text-style:"blink")[//Estime : $Estime//]](bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[L'hypothèse formulée pour expliquer l'amertume de la chair est que des facteurs environnementaux spécifiques interagissent de manière imprévue avec les gènes mutés. Rappelons que la carpe australe a été créée par mutation de quelques gènes à partir de la carpe commune. Votre première décision est facile à prendre. Mais si vous avez un doute, n'hésitez pas à consulter la fiche 2 du manuel.
Vous décidez d'effectuer :]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* une étude observationnelle->P04.1-Obs]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* une expérimentation->P04.2-Exp]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* une simulation->P04.3-Sim]]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Bravo, c'est un bon début.
L'étude observationnelle va vous aiguiller vers une piste d'explication. Votre stagiaire ne semble pas du tout étonné par votre décision, d'ailleurs, votre indice d'estime n'a pas changé.
Vous décidez donc de partir sur les différents lieux d'élevage le long de l'Adèle (le fleuve qui coule en Terre Adélie), et qui a été largement colonisé par la carpe australe]]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[C'est parti pour les sources de l'Adèle...->P05-Mesures]]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Votre stagiaire vous regarde, perplexe et vous demande :
//- et... nous allons étudier l'effet de quel facteur ?
- euh... (moment de solitude)... je plaisante !//
Votre stagiaire n'est pas convaincu par votre réponse.
//- En fait, nous allons faire ://]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* une étude observationnelle->P04.2.1-Obs]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* une simulation->P04.2.2]]
(set: $Estime to $Estime - 5)
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : -5//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Votre stagiaire pouffe de rire. Vous répondez immédiatement :
//- euh... C'était juste pour voir comment vous alliez réagir.//
Clairement votre stagiaire n'est pas convaincu.
//- En fait, nous allons faire ://]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* une étude observationnelle->P04.2.1-Obs]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* une expérimentation->P04.2.2]]
(set: $Estime to $Estime - 10)
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : -10//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Vous partez avec votre kit permettant de quantifier 30 paramètres hydrochimiques (température, pH, calcium, iodures,...).
Vous disposez également d'un dispositif de capture des carpes et d'un appareil (une langue électronique) permettant de quantifier l'amertume de la chair par simple contact des écailles latérales. Pour chaque station, vous effectuez une moyenne des mesures d'amertume effectuées sur 10 carpes adultes.]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Nous revenons au labo->P06-Labo]]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//](bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Bravo, bien ratrappé !
L'étude observationnelle va vous vous aiguiller vers une piste d'explication. Votre stagiaire doute toujours de votre sens de la plaisanterie.
Vous décidez donc de partir sur les différents lieux d'élevage le long de l'Adèle (le fleuve qui coule en Terre Adélie), et qui a été largement colonisé par la carpe australe.]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[C'est parti pour les sources de l'Adèle...->P05-Mesures]]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Aïe ! Cette fois c'est la cata !
Votre stagiaire éclate de rire.
Vous essayez de vous rattrapper en disant que c'était pour voir sa réaction, mais ça ne marche pas.
Vous affirmez alors avec autorité :]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Nous allons faire une étude observationnelle->P04.2.1-Obs]]
(set: $Estime to $Estime - 10)
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : -10//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[De retour au labo, vous considérez que les stations sont les individus statistiques (cf. fiche 1.4). Votre stagiaire, qui semble vous sous-estimer, est étonné. Vous montez dans son estime.
Vous constituez un tableau comportant une ligne par station et une colonne par variable mesurée. Ces dernières ("Amertume moyenne", "Température", "pH"... sont toutes de même type (cf. Fiche 8):]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Elles sont qualitatives->P07.1-Qualit]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Elles sont quantitatives->P07-Quantit]]
(set: $Estime to $Estime + 10)
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : +10//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Non ! ressaisissez-vous ! On vous a dit qu'on "quantifiait" ces paramètres et qu'on "mesurait" l'amertume.]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[D'accord, je ne répondrai plus au hasard->P08.1-Condition]]
(set: $Estime to $Estime - 5)
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : -5//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Bien, mais c'était facile !
Maintenant, le tableau des données comporte 31 colonnes correspondant aux 30 paramètres hydrochimiques et à l'amertume, et 50 lignes correspondant aux 50 stations. Il est difficile d'y voir quelque chose. Commençons par faire un résumé des paramètres hydrochimiques. Dans ce but, quelle analyse allez-vous effectuer ? (cf. fiche 51)]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* Un test non paramétrique de Kruskal-Wallis (cf. fiche 83)->P08.2-Test]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* Une ANOVA (test paramétrique, cf. fiche 63)->P08.2-Test]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* Une ACP (cf. fiches 104-106)->P09.ACP]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* Une AFC (cf. fiche 110)->P08.3-Qual]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* Une ACM (cf. fiche 111)->P08.3-Qual]]
(set: $Estime to $Estime + 5)
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : +5//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Maintenant, le tableau des données comporte 31 colonnes correspondant aux 30 paramètres hydrochimiques et à l'amertume, et 50 lignes correspondant aux 50 stations. Il est difficile d'y voir quelque chose. Commençons par faire un résumé des paramètres hydrochimiques. Dans ce but, quelle analyse allez-vous effectuer ? (cf. fiche 51)]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* Un test non paramétrique de Kruskal-Wallis (cf. fiche 83)->P08.2-Test]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* Une ANOVA (test paramétrique, cf. fiche 63)->P08.2-Test]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* Une ACP (cf. fiches 104-106)->P09.ACP]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* Une AFC (cf. fiche 110)->P08.3-Qual]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* Une ACM (cf. fiche 111)->P08.3-Qual]]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Perdu ! Cette procédure est un test statistique ; elle ne sert pas à synthétiser des tableaux de données.]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[OK, je vais réfléchir avant de cliquer->P08.1-Condition]]
(set: $Mouchard to 10)
(set: $Estime to $Estime - 10)
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : -10//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Oui, c'est bien l'ACP qui sert à explorer les relations entre variables quantitatives.
Grâce à cette analyse, vous notez que ces variables hydrologiques forment des clusters qui indiquent qu'elles sont corrélées entre elles.
Vous souhaitez maintenant savoir si l'amertume est associée à un de ces groupes de variables. Vous décidez :]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* d'effectuer des tests de coefficients de corrélation de Pearson entre chacune des variables hydrologique et l'amertume (cf. fiche 96)->P10.1]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* d'introduire l'amertume en variable supplémentaire dans cette ACP (cf. fiche 108)->P10.2]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* d'effectuer une analyse factorielle discriminante pour identifier quelle combinaison de facteurs provoque l'amertume (cf. fiche 116)->P10.3]]
(if: $Mouchard is 0)[(set: $Estime to $Estime + 5)]
(if: $Mouchard is 0)[(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : +5//]]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Perdu ! Cette procédure sert bien à synthétiser des tableaux de données mais elle n'est utile que pour des variables qualitatives.]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Je tente de faire mieux->P08.1-Condition]]
(set: $Mouchard to 10)
(set: $Estime to $Estime - 5)
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : -5//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Il y avait plusieurs possibilités, même au-delà de celles proposées. Mais parmi celles proposées, il aurait été préférable d'introduire l'amertume en variable supplémentaire.
Effectuer des tests de coefficients de corrélation de Pearson entre chacune de ces variables et l'amertume est possible mais c'est un peu fastidieux et vous perdez de l'information.]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* OK...->P11.Alt]]
(set: $Estime to $Estime - 5)
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : -5//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(set: $Mouchard to 0)(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Il y avait plusieurs possibilités, même au-delà de celles proposées. Mais parmi celles proposées, vous avez choisi la meilleure.]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* OK...->P11]]
(if: $Mouchard is 0)[(set: $Estime to $Estime + 10)]
(if: $Mouchard is 0)[(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : +5//]]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(set: $Mouchard to 0)(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Il y avait plusieurs possibilités, même au-delà de celles proposées. Mais parmi celles proposées, vous avez choisi celle qu'il n'était pas possible d'appliquer !
Une analyse discriminante permet d'étudier l'implication de facteurs quantitatifs sur une variable qualitative. Or, l'amertume est une variable qualitative.]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[J'essaie autre chose->P09.ACP]]
(set: $Estime to $Estime -10)
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : -10//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(set: $Mouchard to 10)(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Les résultats de l'ACP sont surprenants : l'amertume introduite en variable supplémentaire vient s'accoler à un cluster composé de trois éléments : les chlorures, les ions bormate et l'antartium (126e élément de la classification de Mendeleïev réactualisée). Ce fait indique des corrélations positives entre ces quatre variables. Vous décidez alors :]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* d'effectuer une nouvelle ACP ne comprenant que ces trois éléments et la variable supplémentaire "amertume"->P11.1]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* d'effectuer une expérimentation destinée à tester l'influence de chacun de ces trois éléments sur l'amertume->P11.3]]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Vous pouvez essayer, mais j'ai peur que cette démarche ne vous apporte pas grand chose de plus. Pour tester un lien de causalité :]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[j'effectue une expérimentation->P11.2]]
(if: $Mouchard is 0)[(set: $Estime to $Estime - 10)]
(if: $Mouchard is 0)[(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : -10//]]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(set: $Mouchard to 10)(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Excellente idée. Vous concevez une expérimentation dans laquelle les amertumes de poissons appartenants à quatre groupes différents seront comparées :
* un groupe élevé dans une eau standard, et dans laquelle les concentrations des trois substances correspondront aux concentrations les plus basses enregistrées en milieu naturel (groupe témoin),
* un groupe élevé dans des conditions identiques au groupe précédent mais dans lequel la concentration en chlorures correspondra aux concentrations maximales enregistrées en milieu naturel,
* un groupe élevé dans des conditions identiques au premier groupe mais dans lequel la concentration en ions bormate correspondra aux concentrations maximales enregistrées en milieu naturel,
* un groupe élevé dans des conditions identiques au groupe précédent mais dans lequel la concentration en antartium correspondra aux concentrations maximales enregistrées en milieu naturel.
Vous souhaitez mettre 50 carpes par groupe, mais après discussion collégiale et pour raisons économiques, chacun des quatre groupes comprendra 10 carpes.Vous effectuez l'expérimentation.]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[J'examine les résultats->P12]]
(set: $Estime to $Estime + 10)
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : +10//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Vous concevez une expérimentation dans laquelle les amertumes de poissons appartenants à quatre groupes différents seront comparées :
* un groupe élevé dans une eau standard, et dans laquelle les concentrations des trois substances correspondront aux concentrations les plus basses enregistrées en milieu naturel (groupe témoin),
* un groupe élevé dans des conditions identiques au groupe précédent mais dans lequel la concentration en chlorures correspondra aux concentrations maximales enregistrées en milieu naturel,
* un groupe élevé dans des conditions identiques au premier groupe mais dans lequel la concentration en ions bormate correspondra aux concentrations maximales enregistrées en milieu naturel,
* un groupe élevé dans des conditions identiques au groupe précédent mais dans lequel la concentration en antartium correspondra aux concentrations maximales enregistrées en milieu naturel.
Vous souhaitez mettre 50 carpes par groupe, mais après discussion collégiale et pour raisons économiques, chacun des quatre groupes comprendra 10 carpes.
Vous effectuez l'expérimentation.]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[J'examine les résultats->P12]]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Sur les 40 carpes, une est morte pendant l'expérimentation. Il vous reste 39 animaux répartis dans les 4 groupes. Vous effectuez la première étape d'une ANOVA afin d'observer la distribution des résidus. Le résultat est le suivant :]]
<img src="https://static.blog4ever.com/2018/03/842768/HistKrusk.jpg" width=500px height=400px/>
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5,0.25))[(bg:transparent)[Pour traiter ces résultats statistiquement, j'effectue :]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Un test de Shapiro pour tester la normalité des résidus (cf. fiche 94.4)->P12.1]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Un test Kruskal-Wallis (cf. fiche 83)->P12.2]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Une analyse de variance à 1 facteur (cf. fiche 63)->P12.3]]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//](bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[L'amertume apparait corrélée positivement avec les chlorures, les ions bromate ainsi qu'avec l'antartium (126e élément de la classification de Mendeleïev réactualisée). Vous décidez alors d'effectuer :]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* une ACP ne comprenant que ces trois éléments et la variable supplémentaire "amertume"->P11.1]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* une expérimentation destinée à tester l'influence de chacun de ces trois éléments sur l'amertume->P11.3]]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Votre stagiaire vous fait remarquer que le graphique montre clairement une dissymétrie de la distribution. Un test de normalité est donc inutile... et risque même de vous faire croire à une normalité inexistante.]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[* OK... Il a raison, le bougre->P12]]
(set: $Estime to $Estime - 5)
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : -5//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(set: $Mouchard to 10)(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Les effectifs étant faibles et la distribution des résidus ne suivant pas une loi normale, faire un test de Kruskall-Wallis est une bonne décision.
Hélas, ce test n'est pas significatif. Pire ! il est ''presque'' significatif !!!
Vous regardez le graphique des "boîtes à moustaches".]]
<img src="https://static.blog4ever.com/2018/03/842768/BoxplotKrusk.jpg" width=500px height=400px/>
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5,0.25))[(bg:transparent)[Il semble exister une "tendance" pour l'antartium.
Il est possible que le test ait manqué de puissance. Vous comprenez que les effectifs étaient trop faibles.]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Vous décidez d'effectuer une nouvelle expérimentation->P13]]
(if: $Mouchard is 0)[(set: $Estime to $Estime + 10)]
(if: $Mouchard is 0)[(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : +10//]]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(set: $Mouchard to 0)(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Mmmh... La distribution est dissymétrique ; il n'y a donc pas normalité de la population. En plus, les effectifs sont faibles... Les résultats de l'ANOVA risquent d'être peu fiables.]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Je change d'avis->P12]]
(set: $Estime to $Estime - 5)
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : -5//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(set: $Mouchard to 10)(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Afin de maximiser vos chances de succès (c'est-à-dire de découvrir la vérité), vous concevez votre nouvelle expérience. Avant de prendre votre décision, vous récapitulez les paramètres :
* une carpe sur les 40 était morte avant la fin des expériences. Il y a des chances pour que le phénomène se reproduise approximativement dans les mêmes proportions.
* plus j'ai d'individus dans l'expérience, plus son coût est élevé.
* plus j'ai d'individus dans l'expérience, plus la puissance des tests est élevée.
* vous rassemblez vos connaissances en statistiques.
* la peste de stagiaire me regarde : je n'ai plus droit à l'erreur.
* je ne vais pas refaire 4 groupes de 10 individus.
Vous prenez une décision.
Je vais donc mesurer l'amertume sur :]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Deux groupes (Témoin et Antartium) de 10 individus->P13.1]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Deux groupes (Témoin et Antartium) de 35 individus->P13.2]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Quatre groupes (Témoin, Chlorures, Bromate et Antartium) de 35 individus->P13.3]]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//](bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Cette expérience va être deux fois moins coûteuse que la première et vous allez un peu faire augmenter la puissance (moins vous effectuez de comparaisons, plus la puissance est importante).
Hélas, cette solution n'est vraiment pas optimale.]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[OK...->P13]]
(set: $Estime to $Estime - 10)
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : -10//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(set: $Mouchard to 10)(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Deux groupes (Témoin et Antartium) de 35 individus est une solution que vous allez pouvoir défendre quoi qu'il arrive :
* augmenter les effectifs des groupes augmente la puissance des tests,
* avec 35 individus par groupes, si une, deux, voir trois carpes meurent dans un groupe, votre effectif sera toujours supérieur à 30,
* un test de différence entre deux groupes est plus puissant qu'une comparaison entre quatre groupes.
Vous avez fait le bon choix.
Vous lancez l'expérience.]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Je regarde les résultats->P14]]
(if: $Mouchard is 0)[(set: $Estime to $Estime + 10)]
(if: $Mouchard is 0)[(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : +10//]]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(set: $Mouchard to 0)(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Cette expérience va coûter cher et en regard des premiers résultats vous avez peu de chances de voir apparaitre des efgfets pour les chlorures et les bromates. Vous augmentez bien la puissance par rapport à la première expérience en passant à des effectifs de 35 par groupes, mais malgré celà, cette solution n'est pas la meilleure.]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[OK...->P13]]
(set: $Estime to $Estime - 5)
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : -5//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(set: $Mouchard to 10)(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Les résultats sont là. Les 70 animaux ont survécu. Vous devez analyser les résultats avec les bonnes procédures statistiques.]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[J'observe les distributions des données->P14.1]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Je fais un test de Wilcoxon-Mann-Whitney (cf. fiche 82)->P14.2]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Je fais un test de Wilcoxon (pour échantillons appariés ; cf. fiche 84)->P14.3]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Je fais un test t de Student avec correction de Welch (cf. fiche 61)->P15]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Je fais un test t de Student pour échantillons appariés (cf. fiche 62)->P14.3]]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Les formes des distributions pour les deux groupes ressemblent à celle que vous aviez observée dans l'expérience précédente : forte dissymétrie. l'examen des distributions a été rapide. Votre stagiaire ne s'est apperçu de rien.]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Je passe aux choses sérieuses->P14]]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Le test de Wilcoxon-Mann-Whitney vous indique une p-value de p=$$$$.
La différence n'est donc pas significative.
Votre stagiaire vous rappelle alors qu'au-delà de n=30 par groupes, les tests t de Student sont indépendants de la distribution.
Vous le félicitez et... ]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[... effectuez immédiatement un test t de Student avec correction de Welch->P15]]
(set: $Estime to $Estime - 10)
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : -10//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(set: $Mouchard to 10)(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Un test pour échantillons appariés ? Les carpes du groupes témoin ne sont pas les mêmes que celles du groupe "Antartium" et vous n'avez aucun argument permettant de les apparier... Ressaisissez-vous !]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[OK...->P14]]
(set: $Estime to $Estime - 10)
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : -10//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(set: $Mouchard to 10)(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Ce choix est judicieux.
Avant de lancer l'analyse, votre stagiaire qui est chargé de la manipulation du logiciel R, vous demande :
- dois-je effectuer un test bilatéral ou unilatéral ? (cf. fiche 21)
Sans hésiter, vous lui répondez :]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Bilatéral->P15.1]]
(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Unilatéral->P15.2]]
(if: $Mouchard is 0)[(set: $Estime to $Estime + 10)]
(if: $Mouchard is 0)[(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : +10//]]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(set: $Mouchard to 0)(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Votre stagiaire lance l'analyse...
t = -3.4229, df = 57.518, p-value = 0.001148
Les carpes élevées en présence d'antartium sont significativement plus amères que celles du groupe témoin.
Les résultats de votre étude sont clairs : l'eau d'élevage ne devra pas contenir d'antartium si l'on veut y élever des carpes australes.]]
(set: $Estime to $Estime -5)
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : -5//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5,0.25))[(bg:transparent)[Bravo, vous venez de terminer l'étude.]]
(if: $Estime is 130)[(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Quel est mon avenir ?->P18]]]
(else-if: $Estime > 100)[(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Quel est mon avenir ?->P19]]]
(else-if: $Estime > 50)[(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Quel est mon avenir ?->P20]]]
(else-if: $Estime > -10)[(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Quel est mon avenir ?->P21]]]
(else:)[(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Quel est mon avenir ?->P22]]](bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Votre stagiaire lance l'analyse...
t = -3.4229, df = 57.518, p-value = 0.0005738
Les carpes élevées en présence d'antartium sont significativement plus amères que celles du groupe témoin.
Les résultats de votre étude sont clairs : l'eau d'élevage ne devra pas contenir d'antartium si l'on veut y élever des carpes australes.]]
(set: $Estime to $Estime + 10)
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : +10//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[//Estime : $Estime//]
(bg:(hsl:270,0.8039,0.5,0.25))[(bg:transparent)[Bravo, vous venez de terminer l'étude.]]
(if: $Estime is 130)[(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Quel est mon avenir ?->P18]]]
(else-if: $Estime > 100)[(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Quel est mon avenir ?->P19]]]
(else-if: $Estime > 50)[(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Quel est mon avenir ?->P20]]]
(else-if: $Estime > -10)[(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Quel est mon avenir ?->P21]]]
(else:)[(bg:(hsl:0,1,0.8941,0.6))[[Quel est mon avenir ?->P22]]]Cette aventure, qui se déroule en Antarctique en 2060, va vous permettre de vous entrainer sur les choix de procédures statistiques que vous devez mettre en oeuvre en présence de données. En même temps, elle vous permettra de vous initier à la notion de puissance de test statistique que nous avons peu abordée dans le manuel.(bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Félicitations ! Vous avez réalisé un parcours sans faute. Votre stagiaire est sincèrement épaté. Vous signez un contrat à durée indéterminée et êtes présenti pour prendre la co-direction du cabinet (avec votre stagiaire).]](bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Félicitations ! Vous avez réussi l'étude à peu de frais. Vous signez un CDI. Votre stagiaire va succéder à son père mais vous avez sa confiance.]](bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Félicitations ! L'étude est terminée. Votre patron est prèt à écrire des lettres de recommandation pour vous, en particulier pour une boîte au Groënland.]](bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[Félicitations ! L'étude est terminée. Votre patron est prèt à écrire des lettres de recommandation pour vous. Mais seulement pour des cabinets concurrents.]](bg:(hsl:270,0.8039,0.5))[(bg:transparent)[L'étude est terminée. Votre patron vous demande quels sont vos projets d'avenir et comment vous allez quitter l'Antarctique. Si vous avez besoin, il peut vous donner quatre bidons, des cordes de quelques madriers pour fabriquer un radeau.]]
↶↷2060, le réchauffement climatique est stabilisé. Les entreprises de biotechnologie ont créé de nouvelles espèces animales pour remplacer celles qui ont disparu et nourrir la population. La carpe australe (Cyprinus australis) fait partie de ces espèces nouvellement créées mais ses qualités gustatives semblement dépendre du milieu d'élevage : celles provenant de certaine colonies peuvent avoir un goût très amer. Dans le cadre d'un contrat à durée déterminée (potentiellement convertible de CDI), vous êtes mandaté(e) pour découvrir quels facteurs provoquent cette amertume...
C'est parti...